根据《国务院关于修改<住房公积金管理条例>的决定》（国务院令第350号）决定，阿克苏地区住房公积金管理中心经阿克苏地区行署批准，于2002年11月组建成立，为行署直属副县级、不以营利为目的的自收自支事业单位。经地区编办批准同意，历次增设机构和增编，现定编69人，中心领导4人，其中：单位领导正职2名（副县级），副职2名（其中：副县级1名，正科级1名）
内设五科一室，下辖8县公积金管理部。内设机构14个，分别是：行政办公室、归集管理科、会计核算科、信贷科、稽查科、档案信息科，阿克苏地区住房公积金管理中心库车管理部、沙雅管理部、新和管理部、拜城管理部、温宿管理部、阿瓦提管理部、乌什管理部、柯坪管理部。
另在阿克苏行政服务中心派驻3个公积金窗口，负责阿克苏城区内地、市直单位、中央、自治区驻阿单位公积金缴存、提取及职工公积金贷款业务办理。
